Ayasofya Camii müze olmuştu. Ancak Bizans Enstitüsü ve İstanbul’da onu temsil eden Prof. Tomas Whittemore Ayasofya ile yetinmedi.
Whittemore 1930'lu yıllarda İstanbul’daki çalışmalarına ilaveten Kahire’de, Kahire Camii ile Fethiye Camilerinde, üzerleri sıva ile kaplı mozaiklerin gün yüzüne çıkarılması için de çalıştı.
Kahire Camii’ndeki mozaikler 14. asra aitti ve Theodore Metochites’un girişimleri ile bir zamanlar “Hora Manastırı”nın duvar tezyinatını oluştururken yapının camileştirilmesi ile bu özelliğini bütünüyle yitirmişti.
Fethiye Camii ise Theotokos Pammakaristos’un camileştirilmiş haliydi.
Fethiye’deki mozaiklerin Bizans’ın en nadide sanat eserleri arasında olduğu kabul edilmekteydi. Whittemore burada bulunan mozaiklerin de sıvalarından temizlenip ortaya çıkarılması için gayret göstermişti.
Anlaşılan o ki, Osmanlı’nın yıkılması ile sadece İstanbul’dakiler değil, Osmanlı diyarlarındaki bir hayli cami de eski statülerini kaybetmeye başlamış, ciddi bir misyoner akınına uğramışlardı.
1930’lu yıllarda Ayasofya Camii’nde “sanat” adına yapılan çalışmalar için Cumhuriyet gazetesinde çıkan bir yazıda “sergilenen gayretlerin bütünüyle Hıristiyan inanç fanatizmi çerçevesinde yürütüldüğü, bilginin artırılması maksadına matuf bulunmadığı” tespiti esasen son derece doğruydu. Bu ifadeyi tasdik anlamında çalışmalarına devam etmek üzere Avrupa’dan bindiği gemi ile İstanbul’a hareket etmiş bulunan Whittemore 1945 yılı Eylülünde Loy W. Henderson’a hitaben yazmış olduğu mektubunda ne yapmak istediğini şu suretle dile getirmişti:
Şu anda çok iyi bilindiği gibi Bizans Amerika Enstitüsü, Ayasofa'daki mozaik tabloları ortaya çıkarmak ve korumakla uğraşmaktadır. Bu çalışmadaki on yıl boyunca yüksek eğitimli bir teknisyenler grubu oluşturuldu ve halen İstanbul'da bulunan daha küçük Bizans kiliselerinin kurtarılması için öngörülen çalışmalarda kullanılmak üzere gerek duyulacak olan malzeme hazır hale getirildi. Ayasofya, İstanbul’daki mimari konsepti dikkate alan birçok insanın aklına gelen tek yapıdır. Oysaki şehirde hala varlığını sürdüren ve Büyük Kilise’nin inşa edilmesinden önce ve sonra binlerce yıllık Bizans yapısının sürekli gelişimini koruyan daha küçük kiliseler de mevcuttur. Bizans mimarisini bu denli muhafaza eden İstanbul benzeri bir başka yer yoktur. Bunlar Alexander Van Millingen tarafından incelenmiş ve kayda geçirilmiş kiliselerdir, ancak bunlar onun 1912'de kayda aldığı bir zamanda var olmuşlarsa da şu anda tanınamayacak derecede harap bir haldedirler. Bu kiliseler arasında dikkat çekici sarnıcıyla Studion St. John, Bizans İmparatorluğu'nun en ünlü manastır topluluğunun bulunduğu yerdir ve ikonların muhafazasına çalışılan bir burcu mevcuttur. Ayrıca Ravenna'daki S. Vitale'de bulunan ve dünya genelinde mimari açıdan benzeri olmayan S.S. Justinian'ın başkentteki ilk kilisesi S. S. Serge ve Bacchus; temelinde "Ecclesia Antiqua”nın yer aldığı S. Irene; S. Mary Diaconisea'nın güzel kilisesi, Alexia Comnenoa'nın annesi tarafından inşa veya restore ettirilen S. Savior Pantepoptes Kilisesi; sıra dışı mermerleri ve mozaik kubbeleriyle S. Savior Pantokrator Kilisesi; Aziz Andrew Kilisesi ve Patrik Arsenius’un kutsal mezarı; S. Mary Pancrantos'un çift kilisesi; kubbesi ve hala ortaya çıkarılmamış olan mozaik duvarları ile S. Mary Pammakariatos Kilisesi; İsurya Aslanı’na cesurca meydan okuması dolayısıyla Theodosia'nın anısına adanan görkemli S. Theodoaia Kilisesi mevcuttur ve Moğol S. Mary Kilisesi Türk işgali boyunca Ortodoks ayininin devam edebildiği İstanbul’daki tek kilisedir. Dünyaca meşhur mozaikleri ve freskleri ile tanınanı ise S. Saviour kilisesidir.
Bizans Enstitüsü, deprem ve savaştan kurtularak ayakta kalan bu kiliselerin ihmal edilmemesi konusunda kararlıdır. Mümkün olan ilk müdahalelerin hemen yapılması taraftarıdır. Zorunlu onarım gereksinimleri dikkate alınarak yapılan sıralamaya göre hareket edilecektir. Bunun için bugün Türkiye'de satın alınamayan veya sadece fahiş fiyatlarla satın alınabilen metal iskeleler, ahşap iskeleler, zincirler, halatlar ve aletler İstanbul Enstitüsünün atölyelerinde bulunmaktadır. İstanbul Mühendislik Çalışmalarının son on yılı boyunca Enstitüye yardımcı olan iki İngiliz yapı mühendisi, çalışmalarına Türk işçilerle devam etmeyi teklif ediyor. Seçkin Fransız mimar ve Enstitü'nün yakın destekçisi olan Mösyö Henri Prost, şimdilerde İstanbul şehri için Şehir Plancısı olarak kapsamlı mimari deneyimini paylaşmaya hazır bir haldedir. Bunlar, Türkiye'nin mevcut işbirlikçi hükümetinin hâlihazırda izni ve desteği alınmışken bir an evvel yapılması gereken acil işlerdir.
Van Millingen’in çalışmaları Evkaf Komisyonu’nun vermiş olduğu sınırlı izinin bulunduğu günlerde söz konusu olmuştu. Daha müsait şartlar altında taş, briket ve bileşenleri açısından duvarları inceleyebileceğiz. Duvarlarda yer alan yazıları üzerlerinde bulunan sıvalardan dolayı kısmen muğlak kalan okumaları Millingen’den daha iyi bir surette okuma imkânı elde edecek, tedirgin edici bir murakabe altında çizilen zemin planlarını düzeltebilecek ve o zamanlar kamera kullanımının yasak olduğu iç kısımların fotoğrafını çekebileceğiz. Millingen’in “İstanbul’un Kiliseleri” adlı baskısı çoktandır bitmiş olan eseri bu açılımın bir rehberi olarak öngörülmektedir ve bu anıtların korunması, Bizans malzemelerinin ve teknik süreçlerin zaten geniş olan kapsamını daha büyük ölçüde genişletecektir.
Bizans Enstitüsü, bu titiz işlerin yürütülmesi taahhütlerini sunar ve yardımınızı talep eder.
Batı’nın ruh dünyasında, Doğu’da uğradığı en büyük yürek acılardan birisi, hiç şüphesiz ki, “Constantinople”ün “İstambol” olması ve “Saint Sophia”nın “Ayasofya Camii”ne dönüştürülmesi olmuştur. Esasen Fatih’in İstanbul’u alması sadece sıradan bir şehrin fethi olmakla sınırlı kalmadı. Onun söz konusu müjdelenmiş fethi, sadece farklı felsefelerin tezahür ettiği eski “Constantinople” ile yeni “İstambol” arasında değil, fakat aynı zamanda Batı ile Doğu arasında asırlarca sürecek olan bir başka kutlu mücadelenin de kıyasıya sürmesine odun atmak olmuştur. Bu anlamda yeni çatışmalara kapı aralayan kutlu fetih 1930’larda yaşanan değişimlerin bizatihi müsebbibi halini almıştır.
Batı, kadim bir kenti ve müstesna bir mabedi kaybetmenin yüreğinde alevlendirdiği hicran ateşini bir türlü dindiremediği için hiçbir zaman İstanbul’a “İstanbul” demedi. Onu hep “Constantinople” olarak andı ve hep öyle kalmasını arzuladı. Belki de bundan dolayıdır ki, zaman içerisinde İslambol olan şehir nihayet İstanbul oldu. Belki de yine bundan dolayıdır ki, “Saint Sophia” (Hagia Sophia veya Santa Sophia) “Cami” olmaktan çıkarıldı ve müzeye dönüştürülerek “Ayasofya”laştırıldı.
Bu durum Batı’yı biraz rahatlatsa da tümüyle sükûna erdirmedi. Belki de bunun içindir ki Ayasofya müze olunca 1935'te Zguriçee adında bir avukat Atina'da çıkan Neo Kozmos gazetesine gönderdiği bir mektupta, Yunan Kralı'nın marşındaki "Başımızda kralımız olduğu halde İstanbul ve Ayasofya'yı alacağız" cümlesinin artık çıkarılması gerektiğini dile getirmişti.
Anlaşılan o ki, yapılacak daha çok iş var.
O halde, yolumuz açık, gazamız mübarek olsun!