Olay yaratacak Galatasaray sözleri: Pişmanım, keşke gitmeseydim
2009-10 sezonunun ilk haftalarında da rakipleri boş geçmeyen Sercan Yıldırım, Kasım 2010’da dizinden yaşadığı sakatlıktan dolayı yaklaşık iki ay sahalardan uzak kaldı. Dönüşte Sivasspor ile oynanan Türkiye Kupası maçında üç gol birden atmayı başardı. Ayrıca Bursaspor, sezonu şampiyon tamamlayarak kulüp tarihinde ilk kez böylesi ciddi bir başarı elde etti. Sercan, UEFA’nın resmî yayını Champions Dergisi’nin Ekim-Kasım 2010 sayısında Türk futbolunun umut vadeden oyuncusu olarak anılan Sercan Yıldırım, Bursaspor adına iyi geçmeyen 2010-11 UEFA Şampiyonlar Ligi grup aşamasındaki Rangers maçında ağları sarsarak bu arenada Bursaspor tarihinin ilk golünü atmayı başardı ve forması Bursaspor müzesine kaldırıldı.
2010-11 sezonunda ise sekiz defa ağları sarsmayı başardı. 2 Mart 2011 tarihinde Bursaspor'un Sercan Yıldırım'ın transferi için Rossiyskaya Premyer-Liga ekiplerinden Lokomotiv Moskva ile 5,5 milyon € bonservis bedeli karşılığında anlaşıldığı ve oyuncunun 3 Mart'ta yeni kulübüyle sözleşme imzalayacağı duyuruldu. 5 Mart'ta ise transferin bonservis konusunda yaşanan anlaşmazlıklar sebebiyle gerçekleşmeyeceği belirtildi. 19 Ağustos 2011 tarihinde RSC Anderlecht'e karşı oynanan ve 1-2 kaybedilen UEFA Avrupa Ligi play-off karşılaşması sonrasında teknik direktör Ertuğrul Sağlam radikal kararlar alınacağı açıkladı. Bu açıklamadan iki gün sonra düzenlenen basın toplantısında futbolculardan İbrahim Kaş, Volkan Şen ve Sercan Yıldırım'ın süresiz kadro dışı bırakıldığını ve kendilerine kulüp bulmaları söylendığını belirtti.