1968 yılı Rize doğumlu olan Bilal Ekşi, Lisans Eğitimini Yıldız Teknik Üniversitesi Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği bölümünden 1989 yılında mezun oldu.
İş hayatına Devlet Demiryollarında Elektronik ve Haberleşme Mühendisi olarak başlayan Bilal Ekşi, daha sonra İstanbul Ulaşım AŞ’de Atölye Müdürlüğü görevine getirilerek, Metro ve Tramvay araçlarının alım projesi ile Metro Atölyesinin kurulum projeleri yürüterek önemli ulaşım projelerinin hayata geçirilmesinde etkin rol oynadı.
2003 yılında THY'de Revizyon Atölyeleri Başkanlığı’na getirilen Bilal Ekşi, uçak motoru, iniş takımları ve tüm komponentlerinin bakımlarını yapan bir organizasyona liderlik etti. Ekşi, iki yıl sonra THY'de Yer İşletmeden sorumlu Genel Müdür Yardımcılığı görevine atandı.
2008- 2009 yılları arasında THY Teknik A.Ş 'de üretimden sorumlu Genel Müdür Yardımcılığı, 2009- 2010 yıllarında Kıbrıs Türk Havayolları'nın yeniden yapılandırılması projesi kapsamında KTHY Genel Müdürlüğü, 2010- 2011 döneminde, THY Teknik ve Amerikan Motor üretici Pratt Whitney’in ortak kuruluşu “Turkish Engine Center”da Genel Müdür Yardımcılığı görevlerinde bulunan Bilal Ekşi, 2011 yılının Nisan ayından beri Sivil Havacılık Genel Müdürlüğü görevini yürütüyordu.