1911 yılında Kızıl Ordu tarafından CSKA Moskova adıyla kurulan kulüp, 1951'de adını CDSA Moskova, 1957'de CSK Mo Moskova olarak değiştirdikten sonra 1960 yılında bugünkü ismini almıştır.
CSKA Moskova, maçlarını 2016'da açılan 30.000 kişilik Arena CSKA'da oynamaktadır.
Ayrıca CSKA Moskova, 2004-05 sezonunda UEFA Kupası'nı kazanarak, bu kupayı kazanan ilk Rus takımı olmuştur.
Kulüp, 1951 sezonunda Çempionat SSSR Po Futbolu'dan çekilmiş, bu yüzden 1951-52 sezonunu ilk kez 2. Lig'de oynamıştır. Ayrıca 1984 sezonunu 18. ve 1987 sezonunu 15. bitirerek 2 kez daha küme düşmüş ve 1984-1986 ve 1987-1989 yılları arasını 2. Lig'de geçirmiştir.
Kulüp tarihinde en çok maça çıkan futbolcu 381 maçla Vladimir Fedotov, ligde en çok gol atan futbolcu 126 golle Grigory Fedotov'dur.