Babası Nuri Bilgin, annesi ise Şafak Atayman'dır. Küçük yaştayken ailesi boşandı ve annesi tarafından yetiştirildi. Annesinin diplomat olmasından dolayı çocukluğunu ve gençliğini farklı ülkelerde geçirdi. Öğrenimine Ankara'daki Kubilay İlkokulu'nda başlayan Şafak, ortaokulu Madrid'de okudu. Lise öğrenimini Ankara Atatürk Anadolu Lisesi'nde tamamladı. Yükseköğrenimini ise ODTÜ Uluslararası İlişkiler Bölümü'nde yaptı. Yine aynı üniversitede yüksek lisansını ve doktorasını yaptı.
2003-2004 akademik yılı boyunca Michigan Üniversitesi`nde yardımcı doçent olarak bulundu ve ders verdi. Halen, Arizona Üniversitesi Yakın Doğu Araştırmaları bölümünde yardımcı doçent olarak görev yapmaktadır. "Edebiyat ve Sürgün", "Bellek ve Politika", "Müslüman Dünya`da Cinsellik ve Toplumsal Cinsiyet" konulu dersler vermektedir. Türkiye`de çeşitli günlük ve aylık yayınlarda yazmaya devam etmektedir.
Referans Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Eyüp Can Sağlık ile evli olan Elif Şafak`ın Şehrazat Zelda (2006) adlı bir kızı vardır. Elif Şafak 2005-2009 senelerinde Zaman Gazetesinde yazarlık yaptı. 2005'te Med Cezir adlı kitabında kadın, kimlik, kültürel bölünme, dil ve edebiyat hakkında yazılarını bir araya getirdi. Aynı yıl Referans Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Eyüp Can Sağlık ile Berlin'de evlendi.
2006'da yayımlanan "Baba ve Piç" adlı romanını İngilizce olarak kaleme aldı. Türk-Ermeni ilişkilerini inceleyen bu roman nedeniyle hakkında Türklüğe hakaret ettiği gerekçesi ile dava açıldıysa da, suçun yasal unsurlarının oluşmadığı ve delil bulunmadığı gerekçesiyle beraat etti. Aynı yıl Şehrazat Zelda isimli kızı dünyaya geldi[4]. Doğum sonrası yaşadığı depresyonu, İngilizce olarak kaleme aldığı Siyah Süt adlı otobiyografik romanda anlattı. İki yıl sonra oğlu Emir Zahir'i dünyaya getirerek ikinci kez anne oldu.
2009 yılının Mart ayında yayımlanan AŞK isimli roman, Türk edebiyat tarihinin en kısa sürede en çok satan edebi eseri unvanına sahip olmuştur. 2009 yılı sonunda, sekiz romanı ve ilk deneme kitabı Med Cezir'den seçilmiş paragrafları bir araya getirdiği Kağıt Helva adlı kitabını yayımladı. 2010 Kasım ayında Firarperest adlı deneme türündeki ikinci eseri piyasaya çıktı. Eserin içindeki illüstrasyonlar M. K. Perker'e aittir.
2011 yılında Doğan Kitaptan "İskender" isimli eseri piyasaya çıkmıştır. Kitabın kapak resminde, makyajla erkek haline gelen Elif Şafak'ın kendi fotoğrafı vardır.
Sanatçı, Türkiye'de çeşitli günlük ve aylık yayınlarda yazmaya devam etmektedir. 1 Mayıs 2009 tarihinden bu yana Habertürk gazetesinde ve aynı gazetenin "HT PAZAR" adlı ekinde yazılarını yayınlamayı sürdürür. Bu gazetede yayımlanan deneme türündeki yazılarından oluşan bir seçki, M.K Perker illüstrasyonlarıyla birlikte 2012 yılında Şemspare adıyla yayımlandı. Mimar Sinan'ın yanında çırak olan Cihan adında bir Hint'in gözünden Osmanlı'yı anlattığı son romanı Ustam ve Ben 2013 yılında yayımlandı.
Kitapları
Kem Gözlere Anadolu
Pinhan
Şehrin Aynaları
Mahrem
Bit Palas
Araf
Beşpeşe
Med Cezir
Baba ve Piç
Siyah Süt
Aşk
Kâğıt Helva
Firarperest
İskender
Şemspare
Ustam ve Ben