M.S.1200 yıllarına kadar Nepal, bu küçük prensliklerin toprakları olmuştur. Hindistan’dan Kathmandu Vadisi’ne gelen Mallalarla Nepal’de yeni bir dönem başlamıştır. Avrupa ortaçağ dönemini yaşarken Nepal ise en parlak dönemlerinden birini yaşamıştır. Tarımda yapılan gelişmelerle yüksek yerlerde bile tarım yapılmaya başlanmıştır. Kathmandu şehrini yeniden inşa etmişlerdir ve Durbar Meydanları’na tapınaklar yapmışlardır.
Mallalar döneminde, Bengal’den gelen Müslümanlar hem Nepal’i hem Hindistan’ı istila etmişlerdir. İstila asıl Hindistan halkını vurmuştur. Hintliler Nepal’in yüksek dağlarına kaçıp buralarda Rajput Prensliği’ni kurmuşlardır. O dönemde Nepal 46 eyalete bölünmüştü. Ve o dönemin yani 1200-1482 yılları arasında Nepal’e altın çağını yaşatan hükümdar Jayashithi Malla ve çocuklarıdır. Fakat torununun ölümünden sonra Nepal’deki birlik bozulmuştur. Krallığın Kathmandu bölgesi torununun çocukları arasında üçe bölünmüştür; Bhaktapur, Kathmandu, Patan. O dönemin ticaret yolu olan Tibet’i almak için üç krallık da birbirleriyle savaşmıştır. Bu arada Nepal’in diğer kısımları da ayrı ayrı krallıklara bölünmüştür.
Birbirleriyle savaşırken bu üç kral aynı zamanda birbirlerine gösteriş yapmak için 15.yüzyıllarda Durbar meydanlarının gözalıcı tapınaklarını inşa ettirmişlerdir. Altın renkleriyle süslenmiş stupalar ve ince tahta oymacılığı bu dönemin eseridir.
1769 yılında üç krallığın zayıflamasıyla Nepal topraklarında yer alan diğer prensliklerden Gürkalar tüm Nepal topraklarını ele geçirmişlerdir. Ve tarihte ilk olarak Nepal toprakları tek hükümdarlık altında birleşmiştir. Bu birleşmeyi sağlayan ilk Gürka Şahı Pritvi Narayan’dır. Şahdan sonra yerine geçen çocukları da sınırları batıda Sutley Nehri, güneyde Ganj Ovası, kuzeyde Tibet’e kadar genişlettiler ve Nepal’e diğer parlak dönemi yaşatmışlardır. Bu dönemde başkent Kathmandu olmuştur.
1792 yılında Tibet’i ele geçirmek isteyen Nepalliler bu savaşta yenilmiştir. Çin İmparatorluğu toprakları olan Tibet’e bu savaştan sonra tekrar saldırmamışlardır. 1912 yılına kadar da Çin İmparatorluğu’na vergi ödemişlerdir.
Tibet’i ele geçiremeyen Nepal yine de 1810 yılında yüzölçümünü en geniş olduğu miktara çıkartmıştır. Bu durum o yıllarda Hindistan’ı sömürgesi haline getirmiş olan İngilizleri tedirgin etmiştir. Bundan dolayı 1814-1816 yılları arasında İngilizlerle savaşılmıştır. Nepal bu savaşlarda yenilmiştir. Sikkim ve Terrai Ovası’nın büyük kısmını kaybetmişlerdir.
1846 yılındaki KOT katliamıyla Gürkalar’ın yönetimi Nepal’de son bulmuştur. Nepal’in soylu ailelerinden Chhetri’ye mensup Jung Bahadur’un yaptığı katliamla ülkedeki Gürkalara ait şah gücünü kırmıştır. O gece, Durbar Meydanı yakınındaki Kot’ta toplanmış olan kraliyetin yüzlerce önemli adamını ölüme göndermiştir, Jung Bahadur topladığı tüm askerlerle. O gecenin ardından devletin başına geçen Bahadur başbakan olmuştur, soyadını da o dönemin saygıdeğer soyadlarından Rana’ya çevirtmiştir. Bunlarla da yetinmeyen Bahadur başbakan sıfatından Maharaj (Kral) sıfatına geçirtmiştir. Maharaj sıfatınında yalnızca kendi soyundan devam edeceği kanununu çıkartmıştır. Bu güçle devleti yöneten Rana ailesinin yanında şahlar sadece figüran rolünde kalmışlardır.
Rana Ailesi’nin İngilizlerle iyi geçinmesi, Hindistan Bağımsızlık Savaşı’nda İngilizlere destek vermeleri nedeniyle 1858 yılında Sikkim ve Terrai Ovası’nın kaybettiklerin toprakların büyük kısmı Nepal’e geri verilmiştir. Yapılan antlaşmayla da Nepal’in sınırları İngiliz ticaretine açılmış oldu.
1950’li yıllarda Hindistan’la Tibet arasına direkt bir ticaret yolu açılmıştır. Bu ticaret yoluyla dünya sahnesinde Nepal’in önemi gittikçe azalmaya başlamıştır. Bundan dolayı Nepal o yıllarda sınır kapılarını tüm yabancılara kapatmıştır. O tarihlere ait sadece orada yaşayan İngilizler’in kayıtları bulunmaktadır.
İngilizler Nepal’de yaşarken ve onlarla savaşırken Gürkalar’ın savaşma kabileyetlerine hayran kalmışlardır. Bundan dolayı Gürkalar’ı kendi ordularına paralı asker olarak katmışlardır. Ve hala da Gürkalar orduda görev almaya devam etmektedirler.
100 yıl boyunca yönetimde kalan Rana ailesi zenginleşirken halk fakirleşmiştir. Fakat buna rağmen halkın güçlü savaşma yetisiyle ülke kendini sömürgeci Avrupa’ya karşı korumuştur.
1950’li yıllarda o bölgede olan iki önemli değişiklikle Nepal’de Rana Ailesi devri bitmiştir. İlki, Hindistan’ın İngilizler’i yenip bağımsızlıklarını ilan etmeleri. Diğeri de Çin’de gerçekleşen komünist devrimi ve Çin’in Tibet’i ele geçirmesidir. Hindistan elde ettiği özgürlükle ve Çin’in kuzeyde güçlenmesiyle şah ailesinden Kral Tribhuvan’ı destekleyerek Nepal’de yönetime geçmesini sağlamıştır, (1951)
O yıllarda sınırlar yabancılara açılırken Kral Tribhuvan da yönetimi meşruti monarşiye çevirmiştir. Kral Tribhuvan’dan sonra ülkenin başına oğlu Mahendra geçmiştir. 1962’de anayasayı yenilemiştir. 1960’lı yıllarda da, mottosu Aşk Şehri olan Kathmandu, hippilerin ikinci vatanı olmuştur. Şehirdeki Freak Street’te toplanmışlardır. Hala da orada toplanmaktalar.
1972’de ölen Kral Mahendra yerini oğlu Bihendra'ya bırakmıştır. Krallığı döneminde ülkeyi Panchayat Sistemi’ne (dolaylı devlet meclisi sistemi) sokmuştur. Bu sistemde yerel bölgelerin temsilciliklerinin seçtiği bir ulusal meclis vardır. Fakat asıl güç, kral tarafından seçilen 35 kişlilik ulusal meclis üyeleriyle yine kral tarafından seçilen 16 kişilik başkan ve kabinesindedir. Partilerin devre dışı bırakıldığı bu dönem 1979 yılında olan ayaklanmalarla çatırdamıştır. Kral da mecburen referanduma gitmiştir. Az bir oy farkıyla kralın sistemi devam etmiştir.
1990 yılında ise isyanlar tekrar baş göstermiştir. Kral, hem bu isyanlara dayanamamıştır hem de yakın çevresinin baskısına ve rejimi çok partili sisteme geçirmiştir. 1991 yılının Mayıs ayında da 20 partiyle Nepal uzun süreden sonra seçime gitmiştir. Nepal Kongre Partisi seçimleri kazanmıştır.
Dönemin Çin’deki komünist gücü olan ve Mao’nun etkisiyle kurulan Nepal Komünist Partisi ülkede, yine Mao’nun stratejisi olan gerilla savaşına girişmiştir. Nepal’in beş şehrinde; Ropla, Rukum, Jajarkot, Gorkha, Sindhuli başlayan kanlı isyanlar Nepal İç Savaşı’na dönüşmüştür.
1 Haziran 2001 tarihinde Kral Bihendra’nın oğlu Prens Dipedra, babasıyla beraber tüm ailesini katletmiştir. Olayın ardından 3 gün sonrada kendini öldürmüştür. Hükümetin başına da Maocu olan ve Kral Bihendra’nın kardeşi Gyandra geçmiştir. Olayın perde arkasında Maocular’ın olduğu söylenmektedir.
Kral Gyandra Maocu olmasına rağmen isyanlara direnmiştir. 2002 yılında ölü sayısı 12.000’ne çıkmıştır. 1 Şubat 2005’te de Maocular Kathmandu’yu kuşatmışlardır. Kral bu kuşatmayı bahane ederek hükümeti feshetmiş, tüm güçleri de kendisinde toplamıştır. Ardından olağanüstü hal ilan edip politikacıları, dış dünyayla bağlantılarını keserek ev hapsinde tutmuştur.
Bir yıldan fazla süren olağanüstü hal 2006’nın Nisan ayında gerçekleşen grevler ve protestolarla son bulmuştur. Parlamento yeniden kurulmasıyla yeni bir de başbakan seçildi ve Nepal yeni bir dönem daha başladı. Bu dönemde kralın yetkileri sınırlandırıldı. Maocularla da barış görüşmeleri başladı. Bu sebeple terörle mücadele yasası kaldırıldı, hapishanelerdeki Maocular serbest bırakıldı. 2006’nın Kasım ayında 13.000 ölümle sonuçlanan iç savaşın bittiği duyuruldu. 2007’nin Ocak ayında da yeni meclis kuruldu ve meclisin dörtte birini Maocular ele geçirdi. Bu güçle Maocular krallığın yetkilerini iyice azaltma çalışmalarına başladılar. Fakat asıl gücü elinde bulunduran hükümet çalışmalara cevap vermeyince Maocular meclisten çekildiler.
Hükümet ile Maocu parti arasında görüşmeler 10 Nisan 2008’e kadar devam etmiştir. Bu tarihte yapılan Anayasa Seçimlerinde ağır bir şekilde Maocu Parti kazanmıştır. 28 Mayıs 2008’de de resmen monarşi yıkılıp Federal Nepal Cumhuriyeti kurulmuştur.