Sezer İnanoğlu, 24 Ocak 2007'de Yedikule'de kendisini takip eden polislerle girdiği silahlı çatışmadan kısa bir süre sonra Şile'de rutin trafik kontrolü yapan jandarma ekiplerince yakalanmıştır. Uyuşturucu ve silah kaçakçılığı suçundan Bayrampaşa Cezaevi'nde 6 ay yatmıştır. Daha sonra serbest kalan İnanoğlu'nun yargılanmasına tutuksuz devam edilmiştir.
2 Aralık 2015'te, yargıtay tarafından onanan "vahim olan silahları satın almak ve taşımak" suçlarından 5 yıl 10 ay hapis cezası almıştır ve tutuklanarak cezaevine gönderilmiştir.[2]
19 Şubat 2007 tarihinde cezaevindeyken Mehtap Meral Baykasoğlu ile evlenmiştir ve gözleri doğuştan görmeyen Arzum Ayşe adında bir kız çocukları olmuştur. 27 Eylül 2013'te boşanmışlardır.[1]
Sezer İnanoğlu'nun 1996 yılında evlendiği ilk eşi olan sunucu Nil Pınar İnanoğlu, Beykoz'daki yalılarında 23 Mart 1997'de başına tabancayla ateş ederek intihar etmiştir. Sezer İnanoğlu'nun, eşinin ölümünün ardından bunalıma girdiği ve uyuşturucu kullanmaya başladığı iddia edilmiştir.