Yusuf Halaçoğlu, 10 Mayıs 1949 tarihinde Türkiye'nin Adana ilinin Kozan ilçesinde doğdu. Ailesinin çocuğu olarak dünyaya geldi. Eğitim hayatına Kozan'da başlayan Halaçoğlu, 1967 yılında liseyi tamamladıktan sonra eğitimine İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü'nde devam etti. Mezuniyetinin ardından, Yeniçağ Tarihi Kürsüsü'nde "Fırka-i İslâhiye ve Kozan" adlı lisans tezini hazırlayarak 1971 yılında mezun oldu.
Halaçoğlu, akademik kariyerine İstanbul Üniversitesi'nde devam etti ve Yeniçağ Tarihi Kürsüsü'nde asistan olarak göreve başladı. 1978 yılında doktor unvanını almak için "XVIII. yüzyılda Osmanlı İmparatorluğu'nda İskân Siyaseti" adlı doktora tezini tamamladı. 1982 yılında doçent unvanını aldı ve "Osmanlı İmparatorluğu'nda Menzil Teşkilâtı ve Yol Sistemi" adlı tezi ile doçentlik unvanını kazandı.