Türkiye'deki virüs ile Avrupa'ya kabus gibi çöken virüs aynı!

Medeniyet Üniveristesi'nden bilim insanları Türkiye'de 4 Kovid-19 hastasında rahatsızlığa yol açan virüsün gen haritasını çıkardı. 

İstanbul Medeniyet Üniversitesi Rektör Yardımcısı ve İstanbul Medeniyet Üniversitesi Tıp Fakültesi Fizyoloji Anabilim Dalı Öğretim Üyesi Prof. Dr. Sadrettin Pençe önderliğinde yürütülen çalışmada önemli bulgulara ulaşıldı. 

Bu bulgulardan en önemlisi ise Türkiye'deki virüs ile Avrupa'nın üzerinden silindir gibi geçen virüsle aynı aileden olduğunun tespit edilmesi.

TÜRKİYE'DEKİ VİRÜSÜN COĞRAFİ KONUMU BELİRLENDİ

SuperHaber'e yapılan çalışmalara ilişkin bilgi veren Prof. Pençe, çalışma ile Kovid-19 genomunu dizilemeyi ve Türkiye'de görülen Kovid-19'un genomik varyasyonlarını, tiplerini, filogenetik analizlerini ve protein modellemesini belirlemeyi amaçladıklarını ifade etti. .

Kovid-19 örneklerinin düzenli sekanslanması, viral genom mutasyonlarını izlemek ve mutasyonlara karşı tanı testlerinin performansını gözden geçirmenin, aynı zaman da aşı geliştirmek için yararlı olacacağını vurgulayan Pençe, "Dünyada Kovid-19'un daha fazla hastaya bulaştıkça ve daha güçlü toksisiteye sahip virülan bir suş meydana geldikçe daha fazla varyant biriktireceğine dair endişeler vardır. Bu nedenle, Kovid-19’un varyantlarını, hasta profillerini, coğrafi konumları, semptomları ve tedavi yanıtlarını izlemek ve karakterize etmek önemlidir." ifadesini kullandı. 

Bu amaçla Kovid-19 genomundaki varyasyonlar analiz edildiğinin altını çizen Prof. Pençe, "Bilim İnsanları, veritabanından erişilebilen 48 farklı genom dizisini değerlendirerek genom varyasyonlarını belirlediler. Özellikle, örneklerin virüs genomunda ORF1ab içindeki NSP3 alanının diğer alanlardan daha fazla varyant taşıdığı belirlenmiştir." dedi.

DÖRT KOVİD-19 HASTASINDAN İZOLE EDİLEN VİRÜS İNCELENDİ

İstanbul Medeniyet Üniversitesi, Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü tarafından desteklenen proje kapsamında Kovid-19 pozitif dört hastadan izole edilen SARS-Cov-2 virüslerinin genom dizilemesini TÜBİTAK, Gen Mühendisliği ve Biyoteknoloji Enstitüsü’nde gerçekleştirdikleri bilgisini de paylaşan Pençe. sözlerini şöyle sürdürdü:

"Ülkemizde dört Kovid-19 hastasından izole edilen dört adet SARS-CoV-2 virüsüne ait izolatın genomları son nesil yüksek veri çıkışlı dizileme platformları kullanılarak yüksek derinlikte sekanslandı. Dizileme işlemleri sonucunda oluşturulan büyük veriler son nesil biyoenformatik araçlar kullanılarak birleştirilip her bir virüs örneğine ait genom sekans bilgileri oluşturuldu.

SARS-CoV-2 virüsüne ait referans genom büyüklüğü 30.000 nükleotid civarında olup gerçekleştirilen çalışma kapsamında referans genom ile karşılaştırılmak üzere tam bir genom sekansı yapılması başarılmıştır. Bu durum bilimsel literatüre önemli bir katkı sağlayacaktır.

NCBI gibi dünyanın en büyük genom veri depolama platformlarında bugüne kadar 92 adet bu bütünlükte SARS-CoV-2 genomuna ait veri eklenmiştir. Bizde 4 adet yeni genom verisini NCBI veri bankasına ekleyeceğiz ve genom veri sayısı 96 ya yükselecektir."

BU TEST NEDEN ÖNEMLİ?

Peki bu çalışmanın önemi nedir? Prof. Dr. Sadrettin Pençe, bu sorunun yanıtını ise şöyle verdi:

"Çalışma sonucu sekanslanan dört adet SARS-CoV-2 genomu, Çin Wuhan kaynaklı referans viral genom başta olmak üzere diğer ülkelerden eklenen viral genomlar ile tüm genom düzeyinde karşılaştırılarak filogenetik çalışmalar yapılmıştır. Bu çalışmalar ülkemizde izole edilen bu dört viral genomun dünyanın hangi bölgesine daha çok benzediği yani hangi ülke kaynaklı olabileceğini dair bizlere bilgiler vermektedir.

Ayrıca Wuhan kaynaklı referans virüs genomu ile yapılan karşılaştırmalar virüsün geçirdiği mutasyonlar ve bu mutasyonların virüsü nasıl etkilediği noktasında bizlere bilgiler vermektedir.

Yapılan filogenetik çalışmalar sonucu ülkemizde bulunan bu dört viral genomun Avrupa kaynaklı virüslere benzediği ve çalışılan virüslerin Avrupa kaynaklı bulaşmalar olabileceğine dair önemli kanıtlar sunduğu görülmüştür. Bu durum virüsün dünya üzerinde izlediği göç yollarını da bizlere anlatabilecek bir resim ortaya çıkarmaya başlamıştır."

VİRÜSÜN MUTASYON GEÇİRDİĞİ GÖZLEMLENDİ

Yapılan genom düzeyinde çalışmalarımız sonucu virüsün mutasyon geçirdiğinin gözlemlendiğini ifade eden Pençe, "Bu mutasyonların olası protein fonksiyonlarına etki edip etmediği protein modelleme çalışmalarımızla yapılmıştır.  SARS-CoV-2 virüsüne ait toplamda biri poliprotein olmak üzere 11 adet protein tanımlanmıştır. ORF1ab poliproteini kendi içinde olası 15 farklı proteine modellenebilmektedir. Biz çalışmamız kapsamında olası tüm protein ihtimallerini analizlerimize eklemek suretiyle gerçekleştirdik.

SARS-CoV-2 virüsünün en önemli proteini (Spike glycoprotein) S proteinidir. Çünkü bu protein sayesinde insan (Angiotensin-converting enzyme 2) ACE2 proteinine tutunarak enfeksiyonu başlatmaktadır. S proteininde olacak bir fonksiyonel mutasyonun önemi büyük olacaktır." dedi.

İŞTE MUTASYON GEÇİREN PROTEİNLER

Mutasyonların gerçekleştiği proteinlere ilişkin de bilgi veren Prof. Pençe, "Çalışmalarımız sonucunda gözlemlenen mutasyonların ORF1ab, (nucleocapsid phosphoprotein) N proteini ve (Spike glycoprotein) S proteininde olduğu bulunmuştur.

Bu proteinlerdeki olan mutasyonların protein fonksiyon ve yapısını değiştirip değiştirmediğini anlamak üzere biyoenformatik yöntemler ile protein modellemeleri yapılmış ve referans viral protein modelleri ile karşılaştırılmıştır." diye konuştu

MUTASYONLAR VİRÜSÜN ETKİSİNİ ARTIRMADI

Pençe, bu noktada herkesi ilgilendiren bilgiyi ise şu sözlerle verdi:

"Modellemeler ve fonksiyonel analizler sonucu oluşan mutasyonların SARS-CoV-2 virüsünün virülans etkisini arttıracak herhangi bir fonksiyonel bir değişimin meydana gelmediği görülmüştür. Ayrıca insan (Angiotensin-converting enzyme 2) ACE2 proteini ile S proteini etkileşimlerini değiştiren bir mutasyon olup olmadığını gözlemlemek üzere viral S proteini ile insan ACE2 proteinini; birbirini tanıma noktasında farklılık olup olmadığı modellenmiş ancak herhangi bir değişim olmadığı görülmüştür.

Sonuç olarak eldeki verilerin ışığında SARS-CoV-2 virüsünde oluşan mutasyonların gerek virülansın artmasına gerekte azalması yönünde herhangi bir etkisinin henüz olmadığı görülmüştür.

Viral genom dizisini çeşitli bilimsel platformlarda ve uluslararası literatürde yakın zaman içinde paylaşacağız"